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診斷幼齡貓細菌相關性腹瀉具有挑戰性，有兩個原因：

（1）在腹瀉和非腹瀉動物中，假定的細菌腸道致病菌分離率通常相似。

（2）細菌性腹瀉的發生率極其多變。

應該謹慎解釋新生貓產氣莢膜梭菌腸毒素（CPE）和艱難梭狀芽胞桿菌毒素A和/或B的糞便ELISA結果，因為作者觀察到在明顯健康的小貓中，這兩者的ELISA陽性發生率很高（高達40%）。雖然不推薦檢測人類嬰兒糞便，但是數據已經顯示有26%艱難梭狀芽胞桿菌感染（CDIs的住院兒童年齡小于1歲，5%為新生兒。這些數據不能確定是否出現真正疾病或無癥狀攜帶CDIs的住院率。

艱難梭狀芽胞桿菌在0-1月齡嬰兒的平均攜帶率為37%,1-6月齡為30% 。到3歲的非住院成人（0%至3%）的攜帶率與之相似。

由此推測新生兒和嬰兒可能缺乏細胞機制來結合和處理梭狀芽孢桿菌屬的毒素。這一現象在新生幼犬上得到證實，這些幼犬（多達58%的幼犬）艱難梭狀芽胞桿菌腸毒素的攜帶率很高，但卻不表現致病性。這些發現強調了采用糞便PCR試驗檢測梭狀芽孢桿菌腸毒素（CPE）或艱難梭狀芽胞桿菌毒素A和B的基因，存在過度解釋的潛在擔憂。

由于對腹瀉幼齡貓腸道糞便試驗表現的適應征定義不清，導致無區分的檢測和結果的誤讀。應該對特定細菌進行糞便PCR檢測和毒素分析的情況：

來自1歲以下貓的糞便樣本中，有5組潛在人畜共患腸道感染（沙門氏菌屬，彎曲桿菌屬，隱孢子蟲屬， 賈第鞭毛蟲屬和弓首蛔蟲），這些貓要么被安置在人類收容所，要么被送到紐約州的初級護理獸醫那里做研究。

評估了這些生物體與貓的來源或出現腹瀉的可能相關性。出現腹瀉癥狀與確定的病原數量沒有明顯的相關性。在74只腹瀉的貓中，35%（26/74）確定了一種或多種類型的生物體，但在189只沒有腹瀉的貓中，43%（81/189）同樣確定了一種或多種類型的生物體。具有一種或多種人獸共患生物體的糞便樣本中，主人飼養的貓占比為35.1%，收容所貓占比為44.2%。沙門氏菌的流行率為0.8%，這與科羅拉多和日本（1.1%）報道的收容所幼貓中沙門氏菌的流行率相似。